系统压力升高：
在离子色谱仪系统的压力超过正常压力的30%以上时，可以认为该系统压力不正常。压力升高与以下几种情况有关：
(1)离子色谱仪?；ぶ穆似蛴形镏食粱寡沽χ鸾ド?。更换滤片。
(2)离子色谱仪的某段管子堵塞造成系统压力突然升高。逐段检查，更换。
(3)室温较低时如低于10℃时，系统压力会升高。设法使室温保持在15℃以上。
(4)当有机溶剂与水混合时，由于溶液的粘度，密度变化压力亦会升高。
(5)流速设定过高使压力升高，应按照色谱柱的要求设定分析泵的流速。
系统压力降低或无压力：
离子色谱仪系统有泄漏时，压力会降低。仔细检查各种接头是否拧紧。此外，当系统流路中有大量气泡存在，进入泵内形成空穴，启动泵后系统无压力显示，亦无溶液流出，为避免上述问题，流动相的容器要加压(≤0.03MPa);在仪器初次使用或更换淋洗液时要注意排除输液管路内的空气。
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